生物除藻主要是利用生物膜對藻類的絮凝和吸附作用，把藻類從水中分離出來，一部分沉降，一部分吸附后被微生物氧化，有的被原生動物吞噬。生物處理可以承受較大的藻負荷，取得較好的除藻效果。由于其除藻率很難達到90%，因此在高藻期間，仍需要與其他工藝相結合，才能徹底解決藻類對凈水工藝的影響。生物處理在除藻的同時，也降低了水中有機物質的含量，增加了后續工藝的選擇余地。

       生物處理除藻效果的主要影響因素如下：

1.藻類種類

       藻類種類是影響生物處理除藻效率的重要因素。不同的藻類具有不同的物理、化學性質以及藻細胞的表面性質，因而影響生物膜對藻體的吸附作用，使生物膜對不同的藻類表現出不同的去除率。

2.水力負荷

       水力負荷越大，停留時間越短，藻類去除率越低。