污水處理中的微生物種類很多，主要有菌類，藻類以及動物類。
  1、細菌
  細菌的適應(yīng)性強，增長速度快。根據(jù)對營養(yǎng)物需求的不同，可將細菌分為自養(yǎng)菌和異養(yǎng)菌兩大類。自養(yǎng)菌利用各種無機物(CO2、HCO3-、NO3-、PO3-4等)為營養(yǎng)將其轉(zhuǎn)化為另一種無機物，釋放出能量，合成細胞物質(zhì)，其碳源、氮源和磷源皆為無機物。異養(yǎng)菌以有機碳作碳源，有機或無機氮為氮源，將其轉(zhuǎn)化為CO2、H2O、NO3-、CH4、NH3等無機物，釋放出能量，合成細胞物質(zhì)。污水處理設(shè)施中的微生物主要是異養(yǎng)菌。
  2、真菌
  真菌包括霉菌和酵母菌。真菌是好氧菌，以有機物為碳源，生長pH為2?9，最佳pH為5.6。真菌需氧量少，只有細菌的一半。真菌常出現(xiàn)于低pH值、分子氧較少的環(huán)境中。
  真菌絲體對活性污泥的凝聚起到骨架作用，但過多絲狀菌的出現(xiàn)會影響污泥的沉淀性能，而引起污泥膨脹。真菌在污水處理的作用是不可忽視的。
  3、藻類
  藻類是單細胞和多細胞的植物性微生物。它含有葉綠素，利用光合作用同化二氧化碳和水放出氧氣，吸收水中的氮、磷等營養(yǎng)元素合成自身細胞。
  4、原生動物
  原生動物是最低等的能進行分裂增殖的單細胞動物。污水中的原生動物既是水質(zhì)凈化者又是水質(zhì)指示物。絕大多數(shù)原生動物屬于好氧異養(yǎng)型。在污水處理中，原生動物的作用沒有細菌重要，但由于大多數(shù)原生動物能吞食固態(tài)有機物和游離細菌，所以有凈化水質(zhì)的作用。原生動物對環(huán)境的變化比較敏感，在不同的水質(zhì)環(huán)境中出現(xiàn)不同的原生動物，所以是水質(zhì)指示物。例如，溶解氧充足時鐘蟲大量出現(xiàn)，溶解氧低于1/L時出現(xiàn)較少，也不活躍。
  5、后生動物
  后生動物是多細胞動物。在污水處理設(shè)施和穩(wěn)定塘中常見的后生動物有輪蟲、線蟲和甲殼類的動物。
  后生動物皆為好氧微生物，生活在較好的水質(zhì)環(huán)境中。后生動物以細菌、原生動物、藻類和有機固體為食，它們的出現(xiàn)表明處理效果較好，是污水處理的指示性生物。